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新买的手机卡注册微信时发现已经被别人注册使用过，可能有以下几种情况。
1、可能是运营商的卡号资源紧张，将已注销或回收的卡号重新投放市场使用，如果上一个使用者未及时注销微信账号，就会导致新购买的用户无法注册微信，此时可以尝试联系运营商客服查询该号码是否曾经被使用，并请求协助处理微信账号问题。
2、可能是微信系统的问题，出现了短暂的故障或错误，此时可以尝试退出微信程序后重新进入，或者等待一段时间再尝试注册，如果问题仍然存在，可以联系微信客服寻求帮助。
无论哪种情况，建议尽快与运营商和微信客服取得联系，以便尽快解决问题，为了保证个人信息的安全，请确保新注册的微信账号设置复杂的密码，并尽快绑定手机、邮箱等安全信息，如果发现有任何异常或可疑行为，请立即联系相关机构进行处理。